Análise in silico dos iniciadores utilizados para a detecção da entamoeba histolytica

Abstract

A Organização Mundial de Saúde em 1997, determinou que devem ser adotado procedimentos que permitam a diferenciação da E. histolytica de outras espécies, sendo o tratamento da amebíase administrado somente nos casos confirmados da presença do parasito. Técnicas de biologia molecular como a reação em cadeia da polimerase (PCR), podem ser comumente empregadas no diagnóstico específico da infecção apresentando-se como uma ferramenta poderosa na determinação do perfil epidemiológico da amebíase. Após a consolidação da Bioinformática nos anos 90, inúmeros trabalhos vêm recorrendo a simulação virtual (análise in silico), visando melhor reprodutibilidade na bancada. O objetivo do presente trabalho é detectar os iniciadores com melhor desempenho no diagnóstico da amebíase descrito na literatura utilizando a bioinformática e verificar a ocorrência de alinhamento dos iniciadores com o genoma do parasito e/ou contigs depositados em banco de dados genéticos. Foram selecionados trabalhos publicados na literatura que usam a PCR para detecção da E. histolytica no período 2001-2014. Para análise da especificidade dos iniciadores foram utilizados os indicadores de cada alinhamento através do BLASTn: escore, valor E, identidade máxima e a cobertura do sense e antisense de cada iniciador. O alinhamento das sequências de cada iniciador contra o GenBank (NCBI) foi validado através do programa generunner v.3.05. No total de 35 trabalhos publicados, 20 iniciadores foram analisados. Destes, 11 iniciadores alinharam satisfatoriamente com genômicas e/ou contigs apresentando resultados relevantes nos indicadores de qualidade do alinhamento, sendo validados com potencial reprodutivo e 9 apresentaram problemas significantes como alinhamento com sequências de outras espécies (inespecíficos), ausência total de alinhamento, amplicon com variações bem acima (até 110pb) do tamanho indicada pelo autor do trabalho e erro na publicação pelo acréscimo ou ausência de pares de bases. Os resultados da análise in silico indicam a importância da utilização de procedimentos da bioinformática para a seleção adequada de iniciadores publicados na literatura no desenvolvimento da técnica de PCR no diagnostico da amebíase. Palavras-chave: Entamoeba histolytica, analise in silico, PCR